Tuy nhiên, trong thời gian vừa qua, do diễn biến bất thường của thời tiết đã gây ra một số loại bệnh cho cây lúa như: Bệnh đạo ôn, rầy nâu, bệnh lem lép hạt… đặc biệt là muỗi hành gây hại rất lớn cho cây lúa, qua tổng hợp từ các xã, thị trấn tổng diện tích bị nhiễm muỗi hành đến ngày 06/02/2017 là 20.670,1 ha, bị nhiễm mức độ nặng (trên 20%) là 5.828,8 ha, bị mức độ trung bình (từ 10-20%) là 7.758,7 ha và bị nhiễm nhẹ (dưới 10%) là 7.082,6 ha.

Qua đánh giá của ngành chuyên môn, mức độ nhiễm muỗi hành nhẹ đến nhiễm trung bình không ảnh hưởng lớn tới năng suất và nguyên nhân chính của bệnh muỗi hành là do thời tiết biến đổi, mưa kéo dài, nhiệt độ mát tạo điều kiện cho muỗi hành sinh trưởng phát triển, nông dân chưa chủ động trong khâu bơm tát, nước trầm thủy trong ruộng tạo điều kiện thuận lợi cho muỗi hành phát triển và thiếu chủ động  trong phòng ngừa muỗi hành cho rằng muỗi hành chỉ ảnh hưởng nhẹ như những năm trước đây. 

Trước tình hình trên, để chủ động phòng chống dịch muỗi hành bảo vệ diện tích sản xuất vụ Đông xuân 2016-2017. UBND huyện Giồng Riềng đã ban hành công văn số 45/ UBND-NNPTNT ngày 9 tháng 2 năm 2017 về việc  tăng cường công tác phòng ngừa sâu bệnh trên lúa và tổ chức điều tra diện tích lúa bị nhiễm bệnh do muỗi hành trong đó đề ra một số công việc cần tập trung trong thời gian tới như sau:

Tăng cường kiểm tra xác định mức độ gây hại của muỗi hành, xác định rõ diện tích tổng hợp báo cáo về các ngành chuyên môn cấp tỉnh để có biện pháp chỉ đạo kịp thời. 

Chỉ đạo cán bộ Tổ kinh tế kỹ thuật, kiểm tra đối với những diện tích bị nhiễm nặng có khả năng ảnh hưởng đến năng suất, tuyên truyền hướng dẫn cho người dân cách chăm sóc nhằm hạn chế thiệt hại đối với diện tích bị nhiễm bệnh. Ngoài ra, cần phải chú ý các đối tượng gây hại khác như: Rầy nâu, đạo ôn cổ bông, bệnh cháy bìa lá lúa … đang xuất hiện gây hại trà lúa làm đòng đến trổ chín. Hướng dẫn nông dân các biện pháp phòng ngừa ngã, đổ gây ra làm ảnh hưởng đến năng suất của cây lúa. 

Ngoài ra, UBND và các đoàn thể xã, thị trấn tăng cường công tác tuyên truyền nông dân chăm sóc tốt diện tích lúa Đông xuân 2016-2017chưa thu hoạch, vận động nhân dân vượt qua khó khăn trong thời điểm hiện nay, tiếp tục theo dõi, kịp thời phòng ngừa các loại sâu bệnh nhất là muỗi hành gây ra cho cây lúa, đối với những diện tích bị nhiễm nặng tiếp tục chăm sóc, nuôi dưỡng những chồi lúa còn lại đảm bảo phát triển và cho năng suất, giảm bớt thiệt hại, không nên xới bỏ; Đối với diện tích đã thu hoạch sớm không được gieo sạ lại ngay, phải cách vụ nếu không sẽ mang mầm bệnh cho vụ lúa tiếp theo, đồng thời phải đợi lịch gieo sạ vụ lúa hè thu 2017 chung của tỉnh mới tổ chức gieo sạ đồng loạt nhằm hạn chế sâu bệnh.

Vận động nhân dân bơm khô đồng ruộng, phòng tránh đổ ngã đối với các trà lúa đang trổ chín nhằm hạn chế thiệt hại năng suất cây lúa. Tổ chức thành lập đoàn kiểm tra cụ thể đối với những diện tích bị nhiễm nặng (trên 20%) có khả năng ảnh hưởng tới năng suất và đánh giá rõ mức độ thiệt hại theo 2 mức (mức 1 từ 20-50%; mức 2 trên 50%), có danh sách từng hộ, diện tích thiệt hại một cách chính xác, khách quan. Sau khi lúa trong giai đoạn đòng trỗ tiếp tục tổ chức điều tra, đánh giá lại năng suất diện tích lúa bị ảnh hưởng do muỗi hành gây ra.